Barcode-sekvensering av marina ryggradslösa djur
Projektet syftar till att bygga upp en referensbank för marina ryggradslösa djur med så kallade barcode-sekvenser från genen COI i mitokondriens DNA. Genen kodar för enzymet cytokrom C-oxidas. Den skiljer sig lagom mycket åt mellan olika arter för att man ska kunna använda den som en identifieringsmarkör, likt en streckkod i ett varuhus. Projektet pågår 2014 till 2019. Vävnadsprover tas från artbestämda individer i samlingen av marina bottenlevande evertebrater från svenska västkusten, främst från material som insamlades under Svenska Artprojektets marina inventering, SAMARIN under åren 2006 till 2009. Men även annat insamlat material från senare inventeringar används. Projektet överlappar här med två andra projekt på museet: Bottenfauna vid svenska västkusten och Nakensnäckor och andra bakgälade snäckor.
En referensbank med barcode-sekvenser kan användas för att effektivt identifiera insamlade djur genom att ta DNA-prov av dem, men även för att kunna identifiera befintliga arter från analys av fritt DNA i miljön, så kallat eDNA, från prover av bottenslam och vatten. Det kan användas för marin naturvård och bland annat för övervakning av främmande invasiva arter. Det bygger dock på att referensmaterialet är korrekt identifierat. Under SAMARIN var ett trettiotal specialister involverade med identifieringsarbetet av olika djurgrupper, men bestämningsarbete görs även på GNM. Sedan starten under hösten 2014 har över 700 arter provtagits av olika grupper som tagghudingar, blötdjur, nässeldjur, mossdjur och kräftdjur.
Projektet gör i samarbete med NorBOL, SweBOL, iBOL och ArtDatabanken. De resulterande barcode-sekvenserna blir fortlöpande offentligt tillgängliga på BOLD-systems, www.boldsystems.org. Det storskaliga projektet Norwegian barcode of life, NorBOL arbetar med att bygga referensbibliotek av barcodes för alla flercelliga organismer i Norge med djur, svampar och växter. Vi samarbetar med dem, då vi delar många arter av marina organismer och där GNM kompletterar de samlingar som är tillgängliga i Norge. Den svenska motsvarigheten Swedish barcode of life, SweBOL är i uppstartsfas. omfattning. International Barcode of life, iBOL är baserat vid Guelph University i Kanada, där sekvenseringen av vävnadsprover görs. Boldsystems är deras datasystem, där barcode-sekvenser görs publikt tillgängliga på internet.
Poster och abstract på konferens i Johannesburg, Sydafrika, november 2017:
Kongsrud, J.-A. Kongshavn, K., Lundin, K. & Ekrem, T. 2017 Building a comprehensive barcode reference library of the Norwegian Echinodermata through NorBOL - an ongoing effort. 7th International Barcode of Life Conference.
Läs mer om barcoding i museets årstryck:
Lundin, K. & Azurduy Högström, C. 2015. Faunistiskt Nytt 2014 - Marina evertebrater. Göteborgs Naturhistoriska Museum Årstryck 2015: 23-30.
Kontakt
Kennet Lundin
Tfn: 010-441 42 45
Epost: kennet.lundin@vgregion.se
